Monet tirolilaiset kylät ja yksittäiset maatilat olivat kapeiden ja vaikeakulkuisten polkujen yhdistämiä ja kantojuhdaksi tarvittiin sitkeä ja varmajalkainen hevonen.
Ensimmäinen kirjallinen todiste haflingereista on vuodelta 1868, kun arabiori El Bedavi XXII:lla pyrittiin parantamaan paikallisia hevosia. El Bedavin ja paikallisen tamman jälkeläinen Folie on rodun kantaisä. Folie oli väriltään liinakko ja periytti väriään tehokkaasti. Paikalliset asukkaat harjoittivat sisäsiitosta ja Folien tyyppi saatiin vakiinnutetuksi.
Näiden ominaisuuksiensa takia haflingerit ovat erittäin monikäyttöisiä: ne soveltuvat työhevosiksi ja ovat myös hyviä yleisratsuja. Viime aikoina Euroopassa ja Yhdysvalloissa on haflingereita alettu arvostaa lasten, nuorten ja pienikokoisten aikuistenkin ratsuina. Yhteneväisen värin ja koon vuoksi haflingereista saa koottua helposti näyttävän valjakon. Haflinger onkin voimakkuutensa ansiosta hyvä valjakkohevonen.