Aluksi jalostukseen käytettiin flanderilaisia hevosia ja 1800-luvun puolessa välissä Skotlantiin alettiin tuoda Englannista ns. mustia hevosia (shirenhevosia). Skotit ostivat englantilaisilta mahdollisimman hyvälaatuisia jalostusyksilöitä ja oreja vaihdeltiin alueittain.
Jo 1830-luvulla aloitettiin epävirallisesti oriinvuokrausjärjestelmä. Rotuyhdistys perustettiin 1877. Tehokkaan jalostustyön avulla clydesdalenhevosesta kehittyi yhtenäinen ja hyvä rotu.